周琦与新疆的矛盾主要是篮协制定了顶薪制度。周琦去哪个球队都是顶薪，那他为何要待在边疆呢？因此要离开新疆。而新疆是花了大价钱买来的。新疆队不放，周琦就去篮协告新疆偷税。这就是真相。