年羹尧是雍正帝从夺嫡到继位初期稳固皇位的两大功臣之一，另一个是隆科多。
在夺嫡的阶段，年羹尧主要的作用是身为川陕总督，钳制在西北统兵的“大将军王”十四阿哥，在继位初期的阶段，年羹尧帮助雍正帝平定青海罗卜藏丹津的叛乱，稳固了局势，增长了雍正帝的威信。
年羹尧平定青海叛乱是在雍正二年，当年十月就进京面圣，一时之间荣耀加身，满朝的王公大臣无人可及，甚至于年羹尧面对前来迎接的文武百官，视若无物，也不下马，面对满族宗室王爷，也只是在马上颔首而已。
从雍正继位开始，到年羹尧被撤掉抚远大将军职位，雍正多次赏赐年羹尧，肉麻的雍正帝恨不得要跟年羹尧并股而眠。
雍正帝除了不断给年羹尧加官进爵，赏赐朝服朝珠、冠带花翎、金银珠宝，甚至赏赐他一些平常的日常之物，比如折扇、珐琅鼻烟壶、荔枝、枷楠香等等，为了安稳住年羹尧，雍正帝还一厢情愿地把年羹尧的长子年熙过继给他的另一个大功臣隆科多为子，而年羹尧向来不喜欢隆科多这个人，说隆科多是个平常人。
雍正二年，雍正给年羹尧的折子批过很多的朱谕，除了跟年羹尧说正事，还夹杂着很多肉麻的话，以及罕见的家常话。比如，雍正说不知道怎么疼年羹尧，跟年羹尧说，你过继给隆科多的儿子年熙病了，不过快好了，你别担心，比如说，我把你儿子过继给隆科多，你虽然没说什么，可是你爹终究是祖孙情深，颇有不舍，别担心，你家里的事，我都好好给你看着呢，你好好打仗就行。
然而，就在年羹尧打完胜仗，雍正对年羹尧的态度从如胶似漆，就变成了恨之入骨，漠然如路人。雍正三年，雍正帝就开始借势整年羹尧。
其实年羹尧刚打完胜仗，雍正就开始压制他了。
青海西藏叛乱，皆因当地各部族不合，又天高皇帝远，今天罗卜藏丹津叛乱了，说不定哪天又有哪个部族要叛乱，所以，趁着刚刚平叛完，大棒打过以后赶紧给个萝卜，好好安抚青海西藏的各部落。
而这颗萝卜就是年羹尧。雍正帝通过打压年羹尧，换取各部族的信任。
所以，当时年羹尧在打完胜仗以后，给雍正帝上奏的处理青海的相关建议，很多都没通过，甚至于雍正还安排其他人去处理青海的善后问题，把年羹尧隔绝在外。
所以，清代史料上说，刚打完胜仗的年羹尧“颇失圣意”。这很反常态。
但是，打压归打压，年羹尧毕竟还在前线，他的很多问题还没暴露。雍正二年十月，年羹尧进京面圣，这时候他的问题开始暴露。主要有三点。
一，年羹尧整天上奏雍正帝，一方面要求罢黜他认为不合格的西北地方大员，另一方面要求重用自己推荐的人填补。这其中当然包括自己亲信家奴和仇敌。
年羹尧参与官员的选任，特别是西北督抚大员，是雍正许可的，毕竟当初为了平叛，雍正帝为了使年羹尧便宜行事，统一指挥，不但把大将军印信交给他，还命令西北各省的督抚道总兵等等大小官员，全都受年羹尧的节制。
打完仗以后，年羹尧不知收敛，仍旧行使如故，甚至变本加厉，而且，年羹尧借此有日渐做大，要做西北王的态势。这渐渐演变成了朝野皆知的“年选”。这不得不说触动了雍正以及很大不批人的利益。
二、年羹尧自恃功高，居功自傲，跋扈专横。
雍正三年十月，年羹尧进京，雍正帝为了树立自己刚继位就打了胜仗的威信，要求全国督抚大员进京集合，跟朝廷里的文武百官去迎接打了胜仗的年羹尧。
结果年羹尧居功自傲，专横跋扈，不下马，对文武百官视若无物。见了满族王爷才打个招呼。这惹了众怒。然而，此时，年羹尧还是受到雍正重用的，年羹尧还被雍正委任为宣布上谕的重任，这种活平时只有身为宰相的总理事务大臣马齐和隆科多才有资格干。
据史载，年羹尧甚至要求雍正皇帝给他侍卫，然后让这些侍卫给他在前开道。在西北大营，年羹尧更是无法无天，他不仅让随军的满族皇室给他下跪，还让蒙古和各族的王爷族长们给他下跪。
三、年羹尧跟朝廷很多家族和重臣不合，尤其是雍正信任的“舅舅隆科多”。
年羹尧早年追随雍正于潜邸雍王府，自认为是雍正家门的老人，他平时上折子，有时候也不称雍正为皇上，称雍正为主子。所以，他自以为资格老，瞧不起隆科多，说隆科多实在是太平常。
雍正为了撮合自己这两大功臣，多次跟十三阿哥怡亲王从中翰旋，比如把年羹尧的长子年熙过继给隆科多，比如，赏赐年羹尧物件的时候往往也有隆科多的份，赏赐隆科多的时候，也不会忘了年羹尧。
前面说的，雍正赏赐年羹尧御笔书扇，就有隆科多一份。
而雍正通过在雍正三年“借势”整年羹尧的导火线，就跟这把扇子有关。
雍正喜欢赏赐年羹尧一些小玩意儿，其中有这把亲笔御书的扇子，扇子上有三个字“为君难”。在赐扇的同时，雍正帝还赐给年羹尧两方图章，章文分别为“朝乾夕惕”、“雍正宸翰”。隆科多有一把一样的扇子和两方同样的图章。然而：
二月庚午，日月合璧，五星联珠，羹尧疏贺，用“夕惕朝乾”语，上怒，责羹尧有意倒置，谕曰：“羹尧不以朝乾夕惕许朕，则羹尧青海之功，亦在朕许不许之间而未定也。”
结果，雍正帝借着年羹尧这个错误，突然发难。
接着，西北大军和西北各省参年羹尧的折子开始纷至沓来。于是雍正以这些弹劾为由，说年羹尧不再适合做抚远大将军，把他贬为杭州将军，后来又降为闲散旗人。
在此期间，雍正给年羹尧下过一道谕旨，警告年羹尧：
朕闻得早有谣言云，“帝出三江口，嘉湖作战场”之语。朕今用你此任，况你亦奏过浙省观象之论，朕想你若自称帝号，乃天定数也，朕亦难挽；若你自不肯为，有你统朕此数千兵，你断不容三江口令人称帝也。此二语不知你曾闻得否？
给年羹尧安上了造反的大罪名。因为有人参劾年羹尧的时候，曾经参 劾他有谋逆之心，说年羹尧以黄土填道、用鹅黄色荷包、擅用黄包袱等罪状。黄色向来是皇家御用之物。
此时，全国各地官员，特别是西北和杭州的，意识到雍正有意要弄死年羹尧，纷纷开始上疏揭露年羹尧的各种罪状，这其中包括广西巡抚李绂，河南巡抚田文镜等等封疆大吏。
然后，雍正帝以年羹尧不思悔改为由，将年羹尧逮捕进京，交由议政大臣审讯，议政大臣罗列年羹尧九十二大罪，请求立正典刑。这九十二条为大逆之罪五，欺罔罪九，僭越罪十六，狂悖罪十三，专擅罪六，贪婪、侵蚀罪分别是十八、十五款，忌刻罪四条。
但是雍正此时又表示出一种君臣一场的态度，格外开恩，让年羹尧自裁。
至于年羹尧的家人，他的父兄也曾经是朝廷大臣，削去爵位，但是不受连坐，他的儿子年富判斩立决，其他子女发配边疆充军。
年羹尧在大狱中自裁前，曾给雍正上过《临死哀求摺》云：“臣今日一万分知道自己的罪了。若是主子天恩，怜臣悔罪，求主子饶了臣。臣年纪不老，留作犬马自效，慢慢的给主子效力。”
此时，年羹尧还认雍正为主子，想以主仆之情打动雍正，求得一条活命。
然而，雍正其实早就警告过年羹尧了，当时雍正说：
为君难，为臣不易，但知难诸事是矣！为君为臣原是一苦境，不过尽此天地父母所生之身，利益社稷苍生，造他日之福耳！
意思是，他日我要是我无情了，你可别怪我，你没当过皇帝，不知道为君的难处啊。他送给年羹尧的那柄扇子，题的三个字就是“为君难”！
雍正在奏折朱批里，总是说年羹尧这个人聪明，细心。可是后来的人并不这么认为，他们觉得，年羹尧这个人太粗心了。雍正早就警告过年羹尧，年羹尧粗心大意没有察觉而已，还总是把自己当做潜邸的奴才，以为雍正待自己跟别的人不同，甚至比历朝历代的君臣关系都亲密。
史学家孟森认为，雍正对年羹尧那么好，只是给年羹尧灌迷幻汤而已，年羹尧粗心大意，察觉不到，以为雍正真的待自己跟别人不同，导致自己后来养成了专权跋扈的个性，不懂功高盖主和收敛，年羹尧是咎由自取。
