给商鞅平反一直是秦国朝野所期望的事，秦法也有给罪人平反的条例；但是处死商君的是秦惠文王，故要平反难度极大，一旦平反后影响也极大。事实上秦惠文王嬴驷虽然表面上没有给商君平反，但是事实上却给商君复仇了，也经常私下祭奠商君。秦法严厉公正，一般很少发生冤案错案，这也是司马迁的《酷吏列传》中没有一个秦朝官吏的原因所在。给商君平反最终由吕不韦主持，在秦孝文王时得以实现；就算秦孝文王不给商君平反，秦始皇也会给商君平反的。

任何法律之下必有冤案错案，秦法之下自然也有冤案错案，特别是商君死后，行法的近一百年里积累了大量冤案错案。但是秦国一直没有对这些冤案错案进行平反，原因只有三点：其一、秦国朝野害怕平反冤案错案会导致世族复辟，进而导致法治崩溃；其二，商君之死是秦国朝野的一个敏感话题，不能提及；其三、没有一个能力与威望俱有的重臣来主持平反之事。秦孝文王在位仅三天，但是他在吕不韦的辅助下完成了平反冤案错案的壮举。

《史记.秦本纪》中记载到：孝文王元年，赦罪人，修先王功臣，褒厚亲戚，弛苑囿。虽然史记中没有明着写给商君平反了，但是“修先王功臣，褒厚亲戚“一句包含的信息量是极大的。先王之功臣有谁呢？首推强秦之第一功臣商君，其次连横败六国的张仪，再次就是秦国的战神白起。根据《大秦帝国.阳谋春秋》中的记载，吕不韦主持了给商君、张仪、白起的平反大事，恢复了他们的名誉，褒奖了他们的后人（如果还有），另外还将秦法变法开始至秦孝文王止近一百年的冤案错案进行了平反。

吕不韦之所以能完成平反历代秦国冤案错案的壮举，原因有三：其一、给商君、张仪、白起平反是秦国朝野的愿往；其二、吕不韦个人的巨大声望，以及秦孝文王、秦庄襄王两代秦王的全力支持；其三、吕不韦平反冤案错案的目的是修正秦法，而不是推翻秦法。秦法是秦国富强的根本，谁要推翻秦法谁就不能在秦国呆着。

嬴政时代，吕不韦将儒法道墨等百家精华思想编著成了一本治国大书《吕氏春秋》，将他的治国理念倾注在此书之中。吕不韦希望嬴政能用《吕氏春秋》治国，因为该书包含了百家精华而不仅仅是法家思想。不守嬴政坚持用商君书治国，终与吕不韦的执政理念不同，最终将吕不韦罢官流入巴蜀。但是嬴政并没有推翻吕不韦的平反冤案错案，因为此事吕不韦不做，嬴政也会做。