在回答这个问题之前，首先纠正提问者的一个认识误区，清朝的总督和巡抚并不都是正二品！清朝总督编制为正二品、巡抚编制为从二品，虽然都是二品官员，却相差了一个级别。与此同时，清朝的疆臣经常会有加衔，总督加兵部尚书衔者为从一品、巡抚加兵部侍郎衔者为正二品。但无论怎么说，总督的级别总体上还是要高于巡抚。

总督与巡抚是否属于上下级

总督编制为正二品、巡抚编制为从二品，从这个层面来看，总督的级别要高于巡抚，那么，清朝的总督是巡抚的上级吗？答案是明确的，不是！清朝的总督和巡抚经常被并称为督抚，有的省份甚至不设总督或者由总督兼领巡抚职权。如河南省、山东省就不设总督，除了雍正年间为田文镜“因人设岗”、短暂设置过河南山东总督之外，清朝二百余年里，河南省和山东省都没有设置过总督。反之，直隶和四川除清初短暂设置过巡抚之外，大多数时期都是由直隶总督、四川总督兼领巡抚职权，不专设直隶巡抚和四川巡抚。因此，总督与巡抚之间并不是天然上下级关系。

出于防止出现地方实力派的政治需要，清朝自入关之初就刻意在地方制造权力平衡，总督与巡抚之间没有隶属关系，他们都只对皇帝负责。换言之，总督指挥不动巡抚、巡抚更加指挥不动总督，他们都只听命于皇帝！一旦有什么矛盾，也只能各自上书，由皇帝裁决。这就使得清朝地方总督、巡抚之间经常发生摩擦，如著名的两江总督噶礼与江苏巡抚张伯行之间的争斗，屡见不鲜。但出于维持地方权力平衡的需要，清朝皇帝刻意保留了这种争斗，有了争斗就需要仲裁，而充当仲裁者的恰恰就是皇帝本人，从而使皇帝牢牢地控制住了地方！

地方官员到底该听谁的

众所周知，清朝总督与巡抚的辖区是存在重叠的，尤其清初的四川总督与四川巡抚，辖区完全重叠！那么，地方官员到底听谁的呢？这还要从总督与巡抚的职权范围说起。

清朝的总督主管一省至数省政务并拥有节制辖区绿营驻军的权限；巡抚主管一省政务并有权节制辖区绿营驻军。看起来的确是重叠的，但这其中还是有侧重的，总督更侧重军政，巡抚则更侧重民政。总督对民政的管辖更侧重于对巡抚的“节制”，即起到一个监察作用。再说通俗一点，总督更多地起到一个监视、牵制巡抚的作用，他更侧重于军政方面，并不具体主管民政。反之，巡抚同样拥有参劾总督的权力，二者相互制衡，并没有谁领导谁的问题。

那么，地方官员到底听谁的就相对比较明确了。布政使、按察使、道员都不属于军政事务官员，他们自然必须听巡抚吆喝！总督无权越过巡抚直接指挥布政使、按察使等等。但是，总督有权在民政事务上给巡抚挑刺儿、找茬儿！这就是清朝督抚矛盾的源头。除此之外，总督更侧重于节制辖区绿营驻军及相关军政事务。当然，对于本省绿营驻军，巡抚同样有节制权。但是，这种节制同样更侧重于监视，无论总督、巡抚都没有调动驻军的权限，他们仅仅是节制。

换言之，总督更侧重于总管、协调的角色，而巡抚更侧重于具体事务。这就是为什么田文镜和李卫升任总督之后都带了一个小尾巴“兼管巡抚事”的原因所在。因为总督虽然位高权重，却不便插手各省具体民政事务，他只能针对巡抚，给巡抚挑刺儿，却不能直接指挥布政使、按察使。

地方官员到底听不听吆喝

清朝有一个与现在完全不同的地方，那就是没有中管干部、省管干部、市管干部之分。清朝从九品以上官员全部由吏部统一安排、任命，各省督抚无权任免官员，只有建议权。换言之，无论总督、巡抚，都没有任免手下官员的权力，他们只能向皇帝提出建议，经皇帝同意后，由吏部进行任免、调动。

这就造成了一个问题，地方官员的乌纱帽不掌握在总督、巡抚手中，这也是电视剧《雍正王朝》里江苏布政使、按察使敢软顶巡抚李卫的原因所在。李卫干着急也没辙，只能通过“翻冤案”去整倒按察使，也什么？因为巡抚兼着都察院右副都御使，拥有监察权，他可以查究、参劾官员不法。清朝的巡抚能够镇住、管住手下这帮布政使、按察使、道员，靠的就是这个监察权！我任免不了你们，但可以参你们、让皇帝免了你们……说到这里诸位应该知道为什么清朝非要给总督加都察院右都御史衔、给巡抚加都察院右副都御使衔了吧？

综上所述，清朝的总督和巡抚之间并没有明确上下级关系，各省的地方官员归各省巡抚管辖，总督无权直接指挥各省地方官员。但是，总督有监察巡抚的权力，可以给巡抚挑刺儿、找茬儿！总督与巡抚的辖区虽有重叠，但侧重点不同，虽然相互之间会产生摩擦，但并不影响实际运作。

很简单，总督对巡抚有意见，只能向皇帝上书，却不能越过巡抚直接指挥布政使、按察使。他可以掣肘巡抚的权力，却无法代替巡抚，在皇帝仲裁之后，巡抚负责执行，总督无权干涉具体执行工作。这就保证了皇帝意志在地方的贯彻实施，虽然可能造成效率低下的问题，但不失为一个维护皇权的好办法。不过话又说回来，在那个没有电脑、手机的时代，效率从来就不是什么大问题！